Kada se CNC sistem aktivira, željeni rezovi se programiraju u softver i diktiraju odgovarajućim alatima i mašinama, koji izvršavaju dimenzionalne zadatke kako je navedeno, slično kao robot.

U CNC programiranju, generator koda unutar numeričkog sistema često pretpostavlja da su mehanizmi besprijekorni, uprkos mogućnosti greške, koja je veća kad god je CNC mašina usmjerena da seče u više od jednog smjera istovremeno.Postavljanje alata u sistem numeričke kontrole ocrtano je nizom ulaza poznatih kao program obrade.

Kod numeričke kontrolne mašine, programi se unose putem bušenih kartica.Nasuprot tome, programi za CNC mašine se unose u računare preko malih tastatura.CNC programiranje se zadržava u memoriji računara.Sam kod pišu i uređuju programeri.Stoga, CNC sistemi nude daleko veći računski kapacitet.Najbolje od svega je što CNC sistemi nikako nisu statični jer se noviji upiti mogu dodati već postojećim programima kroz revidirani kod.